Является ли недвижимость, сведения о которой отсутствуют в ЕГРН, автоматически бесхозяйной?

В отношении автоматизма применительно к бесхозяйной вещи наш ответ - нет, не будет. Именно поэтому для недвижимости установлен Порядок постановки на учёт бесхозяйной вещи, который и нужно соблюсти для придания ей такого статуса.